Em Naomi, conhecemos Naomi McDuffie (Kaci Walfall), uma adolescente divertida, confiante e apaixonada por histórias em quadrinhos. Naomi irá embarcar em uma jornada de autoconhecimento depois que um evento sobrenatural abala a pequena cidade onde vive, Port Oswego. Após o ocorrido, sua vida vira de cabeça para baixo.
Naomi McDuffie está aproveitando a vida ao máximo como melhor aluna, skatista e fã de Superman quando um incidente no meio de Port Oswego, sua cidade natal, vira seu mundo de cabeça para baixo.
A revelação chocante de Dee faz com que Naomi e seus amigos investiguem ainda mais os eventos inexplicados em Port Oswego. Além disso, as perguntas de Naomi pegam seus pais desprevenidos.
Naomi recebe conselhos de Dee enquanto aprende a controlar seus poderes e faz de tudo para conciliar sua nova realidade com a vida de uma adolescente comum. Além disso, Zumbado procura a ajuda de um velho amigo.
Naomi tem que aceitar todos os segredos que foram guardados dela e também quem os guardou. Além disso, os amigos de Naomi a incentivam a concorrer à presidência da classe.
Dee continua a ensinar Naomi a controlar seus poderes. Além disso, Naomi e Nathan reatam o namoro, enquanto a escola organiza uma excursão de acampamento de uma semana.
É a época do Homecoming e a tensão aumenta quando Anthony sente que as tradições da cidade estão sendo desrespeitadas. Enquanto isso, Naomi descobre uma nova fonte de informação com potencial.
Quando Naomi se encontra em apuros, ela é obrigada a pedir ajuda de Zumbado, que sabe mais do que Naomi poderia imaginar.
Naomi precisa tomar cuidado para proteger sua identidade, Greg e Jennifer conversam sobre como proteger Naomi e Dee e Zumbado discordam sobre como Naomi deveria ser treinada.
Naomi acredita que existe outro alienígena infiltrado, e uma visita do Comandante Steel encoraja Dee e Zumbado a aparecerem de forma inesperada na residência dos McDuffie.
Naomi decide investigar sozinha para desvendar a verdade, mas acaba descobrindo quantas pessoas guardavam segredos dela.
Naomi e Annabelle estão ansiosas para ter uma noite de formatura perfeita com Nathan, Jacob e o resto da turma… mas nada acontece como o planejado quando você é um super-herói adolescente.
Naomi busca o conselho de seus protetores, mas eles não se decidem sobre um plano… e Naomi se sente deixada de lado em decisões sobre seu futuro.
Naomi deve decidir proteger aqueles que mais ama, mas acaba precisando que as pessoas mais próximas a ela enfrentem um ser poderoso que a caça desde que nasceu.