Larry Daley, o ex-guarda noturno do Museu de História Natural, agora é um sucesso empresarial. Mas, logo depois de ficar sabendo que seus amigos do museu foram enviados para o Museu Smithsonian, Larry recebe um telefonema desesperado de Jedediah, avisando que quatro dos maiores vilões da história voltaram à vida e planejam tomar o Smithsonian, e depois o mundo. Larry se junta a velhos e novos amigos para deter os planos diabólicos.
Larry Daley
Amelia Earhart
Jedediah Smith
Kahmunrah / The Thinker / Abe Lincoln
Theodore Roosevelt
Ivan the Terrible
Napoleon Bonaparte
Octavius
Dr. McPhee
George Armstrong Custer
Diretor