O filme começa em 2220, vinte anos depois do desenho original. Na trama do animê, o planeta Terra está à beira da extinção devido à radição das bombas planetárias dos Gamilions. A esperança chega na forma de uma mensagem da Rainha Starsha, do planeta Iscandar. Ela dá aos terráqueos os planos para construir um motor superluminal, que pode levar os humanos a Iscandar, onde uma máquina – o Cosmo DNA – os espera. O artefato pode limpar a radiação na Terra. Mas será que a Patrulha Estelar conseguirá viajar 148 mil anos-luz e voltar em apenas um ano terrestre? Não se os Gamilions puderem impedi-los.