Após os acontecimentos de Digimon Adventure 02, tudo está finalmente voltando ao normal. Até que um ícone estranhamente familiar começa a mostrar-se em sistemas de computadores ao redor do Japão. E não apenas os sistemas de computador … TVs, celulares, jogos de vídeo; qualquer coisa com uma tela com recursos on-line. E este ícone parece estar procurando por alguém … Yagami Taichi, e Ishida Yamato, que o derrotou vários anos antes. Então percebe-se que este digimon é, de fato Diablomon, o tipo de vírus Digimon que foi derrotado em “Bokura no War Game”. Mas desta vez, ele aprendeu a tornar-se físico, e está enviando milhares de cópias de si mesmo para o mundo real.